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「學園都市」是位於東京西部的巨大都市。在這總人口超過230萬、其中約8成人口是學生的都市中，學生們接受開發超能力的特殊課程，並且被依能力區分為「無能力（Level0）」到「超能力（Level5）」的六階段。高中生．上条當麻也是居住在學園都市的學生之一。由於寄宿在他右手的力量—只要是異能之力，就算是神之加護也能加以消除的「幻想殺手」，使得他被評價為吊車尾的「無能力」，過著充滿不幸的人生。上条的學生生活，因為暑假第一天從天而降的純白修女而產生了巨變。自從與逃離魔法世界的她—茵蒂克絲相遇後，上条便接二連三地被捲入各式各樣的事件中。在上条不斷冒險解決統治學園都市的「科學」側、以及與茵蒂克絲有所關聯的「魔法」側這兩方的事件的過程中，他的人際關係也逐漸擴展。然後，魔法側的十字教最大教派．羅馬正教終於注意到了上條的存在…有如呼應魔法側的行動般，身為科學側的學園都市也開始展開行動。然而，為了與在突然間開始對立的世界加以對抗，有一群人站了出來。他們是因為與上條接觸，使得命運大大改變的「英雄」們。他們也將再次挺身與世界對峙。就像上条當麻過去以來所做的那般。當科學與魔法三度交鋒之時，故事將發生巨大的改變！！