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在已被徹底探索殆盡的世界裡，名為「深淵」的大洞是碩果僅存的秘境。這個深不見底、不知會延伸到何處的巨大垂直洞穴中，不僅棲息著各種稀奇古怪的生物，還沉睡著現今人類所做不出來的珍貴遺物。「深淵」那處處充滿不可思議的神秘樣貌，吸引人們前仆後繼地前去冒險。漸漸地，大家開始將那些多次挑戰大洞的冒險者們稱為「探窟家」。孤兒莉可住在興建於深淵四周的城鎮「奧斯」，她夢想著將來要成為像她母親一樣偉大的探窟家，並一解深淵之謎。某天，她母親萊薩的白笛被人發現，讓莉可因此下定決心要潛入深淵的深處。她撿到的失憶機器人雷格，也為了尋找自己的記憶而決定與她同行。莉可在深界四層被穿珠的毒給侵蝕折磨，拯救她的是名叫奈奈祈的慘劇終末。奈奈祈加入之後，三個人便繼續前往彭多爾多所在的深界五層冒險。在那裡，他們遇見了一個自稱普魯修卡的女孩。由彭多爾多撫養長大的她對外界一無所知。普魯修卡深深著迷於莉可的冒險故事，並希望能和莉可一起冒險，然而她卻慘遭彭多爾多利用來做實驗。不過後來普魯修卡改變形體，變成莉可的白笛，與她一同朝深界六層「不歸之都」前進。在那裡有座「慘劇終末的村子」，那是擁有自己一套價值觀的慘劇終末們所生活的地方。