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從前從前，天空有著白之王國，地上有著黑暗王國。兩個王國保持〈均衡〉的同時不斷〈循環〉著。某天，有名少年在黑暗王國中某個被魔獸摧毀的村莊裡挖著墳墓。 此時，前任黑暗之王的繼任者「史奇亞茲」出現在那名少年面前。被「史奇亞茲」看上的少年就這樣成了闇之王子，並下定決心要改變這個世界。另一方面，白之王國的守護神──光明之王「愛莉絲」則在擔心光與闇的均衡被打破一事。就在這時，傳來擾亂均衡的存在「巴爾」現身的消息。黑暗王國的黑暗之王為了討伐礙眼的「巴爾」，向白之王國提出了結盟的邀請。光明之王艾莉絲與作為使者從黑暗王國前來的闇之王子會面，並締結了要一同創造和平世界的〈約定〉。然而，黑暗之王卻破壞了兩人所交換的〈約定〉。兩人的〈約定〉以及毀滅世界原罪。通往〈根源〉(零)的故事就此展開——